Trong suốt lịch sử hình thành và phát triển, Viện Chiến lược và Khoa học thanh tra đã hợp tác thành công với nhiều đối tác trong và ngoài nước về nghiên cứu khoa học, chia sẻ thông tin, xây dựng thể chế, chính sách, đào tạo nhân lực và hỗ trợ kỹ thuật khác; với nội dung và hình thức hợp tác phong phú thông qua hoạt động của các chương trình, dự án, hội thảo, diễn đàn, điều tra - khảo sát, nghiên cứu chuyên gia, thẩm định - phản biện khoa học, trao đổi thông tin - tư liệu và đào tạo, bồi dưỡng nhân lực, cụ thể là:
- Dự án STAR (Hoa Kỳ): Chương trình hỗ trợ kỹ thuật thực thi Hiệp định Thương mại Việt Nam - Hoa Kỳ.
- Dự án DANIDA (Đan Mạch)): Dự án hỗ trợ công tác nghiên cứu chuẩn bị phê chuẩn Công ước của Liên hợp quốc về chống tham nhũng.
- Dự án của Ngân hàng Phát triển châu Á (ADB): Trợ giúp kỹ thuật qui mô nhỏ “Tăng cường năng lực của Thanh tra Chính phủ”; tổ chức một số hội thảo quốc tế về xây dựng kế hoạch quốc gia thực hiện Chương trình hành động chống tham nhũng khu vực châu Á - Thái Bình Dương.
- Các dự án thuộc Chương trình phát triển Liên hợp quốc (UNDP), bao gồm: Dự án hỗ trợ xây dựng Luật phòng, chống tham nhũng năm 2005; Dự án hỗ trợ ban đầu cho nỗ lực chống tham nhũng của Việt Nam; Dự án hỗ trợ kỹ thuật thực thi Công ước của Liên hợp quốc về chống tham nhũng của Việt Nam; Dự án AC - UNCAC về “Tăng cường năng lực thực thi Công ước Liên hợp quốc về chống tham nhũng và vai trò của các chủ thể ngoài khu vực nhà nước nhằm hỗ trợ công tác phòng, chống tham nhũng của Chính phủ Việt Nam”; Dự án GI - UNCAC về “Nâng cao năng lực giám sát và báo cáo về tình trạng tham nhũng và công tác phòng, chống tham nhũng của Chính phủ Việt Nam”;
- Dự án của Ngân hàng thế giới (WB): “Nghiên cứu sửa đổi Luật khiếu nại, tố cáo” và “Nghiên cứu khảo sát về xung đột lợi ích trong phòng ngừa tham nhũng”.
- Viện KAS (Cộng hòa Liên bang Đức): Hội thảo quốc gia “Bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của công dân bằng phương thức giải quyết khiếu nại hành chính”.
- Đại sứ quán Ai Len tại Việt Nam: “Nghiên cứu, khảo sát nâng cao hiệu quả hoạt động giám sát đầu tư của cộng đồng đối với các dự án xóa đói, giảm nghèo góp phần phòng, chống tham nhũng”.
- Dự án thuộc SIDA (Thụy Điển): Dự án hợp tác xây dựng một số nghị định hướng dẫn thi hành Luật Phòng, chống tham nhũng; Dự án hỗ trợ “Giai đoạn khởi động” của Chương trình “Tăng cường năng lực tổng thể ngành thanh tra – POSCIS”.
- Chương trình “Tăng cường năng lực tổng thể ngành thanh tra - POSCIS” do Chính phủ các nước Thụy Điển, Đan Mạch, Hà Lan, Na Uy và Canada tài trợ. Chương trình được triển khai tại Thanh tra Chính phủ và thanh tra 10 Bộ, ngành, địa phương (Bộ Công an, Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Nội vụ, Tp.Hồ Chí Minh, Bình Dương, Kiên Giang, Khánh Hòa và Hà Tĩnh).
- Hợp tác chuyên môn với Chương trình phát triển Liên hợp quốc (UNDP), Tổ chức Hướng tới minh bạch (TT), Tổ chức Bảo vệ động vật hoang dã - WCS, các Đại sứ quán Phần Lan, Ca na đa, Ai Len…tại Việt Nam trong các nghiên cứu, khảo sát hay trong các chương trình đào tạo, các sự kiện hội nghị, hội thảo, diễn đàn trong và ngoài nước có liên quan đến chủ đề phòng, chống tham nhũng và quản trị tốt như: vai trò của xã hội trong phòng chống tham nhũng; xây dựng văn hóa liêm chính phòng chống tham nhũng; xây dựng Chính phủ liêm chính - minh bạch (mở); phòng, chống tham nhũng trong bảo vệ động vật hoang dã; khảo sát và công bố chỉ số cảm nhận tham nhũng, phong vũ biểu về tham nhũng và phòng, chống tham nhũng…
- Hợp tác với Học viện Hành chính Quốc gia trong nghiên cứu, biên soạn giáo trình, tài liệu và tham gia giảng dạy hệ đào tạo cử nhân chuyên ngành thanh tra (từ năm 2010); hợp tác với Khoa Luật, Đại học Quốc gia Hà Nội trong biên soạn giáo trình, tài liệu giảng dạy và tham gia giảng dạy môn học Lý luận và Pháp luật về Phòng, chống tham nhũng cho chương trình đào tạo cử nhân Luật (từ năm 2013), hỗ trợ việc mở mã ngành và hợp tác giảng dạy hệ đào tạo thạc sĩ Luật học mã ngành “Quản trị Nhà nước và Phòng, chống tham nhũng” từ năm 2018.
Trong những năm gần đây, hoạt động hợp tác phát triển sự nghiệp của Viện Chiến lược và Khoa học thanh tra tiếp tục được mở rộng thông qua các hình thức cộng tác nghiên cứu, giảng dạy, tuyên truyền phổ biến pháp luật, tổ chức hội thảo, tọa đàm, diễn đàn, thẩm định - phản biện khoa học, khảo sát thực tiễn của Viện và của các thành viên của Viện với nhiều cơ sở nghiên cứu, đào tạo và cơ quan, tổ chức, đơn vị như: Trường Cán bộ Thanh tra, Khoa Luật, Đại học Quốc gia Hà Nội, Học viện Hành chính Quốc gia, Đại học Nội vụ, Học viện Báo chí và Tuyên truyền, Đại học Luật Hà Nội, Học viện Cảnh sát nhân dân, Học viện An ninh nhân dân, Đại học Đà Nẵng, Đại học Thái nguyên, Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam, Viện Chính sách công và Pháp luật, Viện Nhà nước và Pháp luật, Viện Nghiên cứu Lập pháp, Viện Khoa học pháp lý, các đơn vị nghiên cứu, đào tạo thuộc các Ban của Đảng và Bộ, ngành, tổ chức chính trị - xã hội ở Trung ương; các trường bồi dưỡng chính trị tỉnh, thành phố và thanh tra các địa phương như Thành phố Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương, Bà Rịa - Vũng Tàu, Cần Thơ, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Lâm Đồng, Đắc Lắc, Quảng Nam, Đà Nẵng, Khánh Hòa, Hà Tĩnh, Ninh Bình, Nam Định, Hải Phòng, Quảng Ninh, Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Bắc Ninh, Lạng Sơn, Thái Nguyên, Cao Bằng, Yên Bái, Lào Cai, Hà Giang, Lai Châu…