Theo quy định tại Khoản 2, Điều 41, Luật Thanh tra và Điều 53, Nghị định số 86/2011/NĐ-CP ngày 22/9/2011 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thanh tra, đối tượng thanh tra có trách nhiệm thực hiện nghiêm chỉnh nghĩa vụ, trách nhiệm của mình được ghi trong kết luận thanh tra, quyết định xử lý về thanh tra:

a) Trong phạm vi thẩm quyền xử lý kịp thời các vi phạm về kinh tế, các cá nhân, cơ quan, đơn vị có hành vi vi phạm pháp luật; áp dụng các biện pháp khắc phục sơ hở, yếu kém trong công tác quản lý, sửa đổi các quy định không phù hợp;

b) Yêu cầu cơ quan, đơn vị cấp dưới thuộc thẩm quyền quản lý hoặc kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý các vi phạm về kinh tế, các cá nhân, cơ quan, đơn vị có hành vi vi phạm pháp luật; áp dụng các biện pháp khắc phục sơ hở, yếu kém trong công tác quản lý, sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện cơ chế, chính sách, pháp luật.

- Đối tượng thanh tra có trách nhiệm báo cáo kết quả thực hiện kết luận thanh tra, quyết định xử lý về thanh tra với cơ quan thanh tra nhà nước, cơ quan nhà nước đã có kết luận thanh tra, quyết định xử lý về thanh tra và chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc thực hiện đó.

- Trường hợp đối tượng thanh tra không thực hiện, thực hiện không đầy đủ, không kịp thời kết luận thanh tra, quyết định xử lý về thanh tra thì tùy theo tính chất, mức độ vi phạm mà bị xử lý kỷ luật, xử phạt hành chính hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự, nếu gây thiệt hại thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật.