Điều 20 Nghị định số 220/2013/NĐ-CP ngày 27 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định về tố cáo và giải quyết tố cáo trong quân đội nhân dân quy định trách nhiệm của Thanh tra Chính phủ về công tác giải quyết tố cáo trong Quân đội nhân dân như sau:

1. Thanh tra Chính phủ có trách nhiệm thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật và nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ Quốc phòng về công tác giải quyết tố cáo trong Quân đội nhân dân.

2. Tổng Thanh tra Chính phủ có trách nhiệm xem xét, kết luận việc giải quyết tố cáo mà Bộ trưởng Bộ Quốc phòng đã giải quyết nhưng có dấu hiệu vi phạm pháp luật; trường hợp kết luận việc giải quyết có vi phạm pháp luật thì kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét, giải quyết lại.