Theo Điều 6 Luật Thanh tra năm 2022 (có hiệu lực từ ngày 01/7/2023) quy định về trách nhiệm của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước trong công tác thanh tra, kiểm tra như sau:

1. Trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình, Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước có trách nhiệm tổ chức, chỉ đạo hoạt động thanh tra, kiểm tra để bảo đảm hiệu lực, hiệu quả của công tác quản lý nhà nước.

2. Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước phải thường xuyên tổ chức kiểm tra việc thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn được giao của cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc quyền quản lý; việc chấp hành chính sách, pháp luật của cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc ngành, lĩnh vực do mình phụ trách để bảo đảm hiệu lực, hiệu quả của công tác quản lý nhà nước.

Trong quá trình kiểm tra, nếu phát hiện vi phạm thì áp dụng hoặc kiến nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền áp dụng biện pháp theo quy định của pháp luật để xử lý kịp thời hành vi vi phạm; trường hợp cần thiết thì yêu cầu hoặc đề nghị cơ quan có thẩm quyền tiến hành thanh tra; nếu có dấu hiệu tội phạm thì kiến nghị khởi tố và chuyển hồ sơ vụ việc, tài liệu có liên quan đến cơ quan điều tra để xem xét, quyết định việc khởi tố vụ án hình sự theo quy định của pháp luật.

3. Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng và Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ (sau đây gọi chung là Bộ trưởng), Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, người đứng đầu cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp huyện và Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước khác, trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình, có trách nhiệm tổ chức, chỉ đạo hoạt động thanh tra, xử lý kịp thời kết luận, kiến nghị về nội dung thanh tra và chịu trách nhiệm trước pháp luật về quyết định của mình.