Điều 46 Luật Thanh tra 2010 quy định, trong quá trình thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra hành chính có những nhiệm vụ, quyền hạn sau:
1. Người ra quyết định thanh tra có nhiệm vụ, quyền hạn sau đây:
a) Chỉ đạo, kiểm tra, giám sát Đoàn thanh tra thực hiện đúng nội dung quyết định thanh tra;
b) Yêu cầu đối tượng thanh tra cung cấp thông tin, tài liệu, báo cáo bằng văn bản, giải trình về vấn đề liên quan đến nội dung thanh tra; yêu cầu cơ quan, tổ chức, cá nhân có thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung thanh tra cung cấp thông tin, tài liệu đó;
c) Trưng cầu giám định về vấn đề liên quan đến nội dung thanh tra;
d) Yêu cầu người có thẩm quyền tạm giữ tiền, đồ vật, giấy phép sử dụng trái pháp luật khi xét thấy cần ngăn chặn ngay việc vi phạm pháp luật hoặc để xác minh tình tiết làm chứng cứ cho việc kết luận, xử lý;
đ) Tạm đình chỉ hoặc kiến nghị người có thẩm quyền đình chỉ việc làm khi xét thấy việc làm đó gây thiệt hại nghiêm trọng đến lợi ích của Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, cá nhân;
e) Yêu cầu tổ chức tín dụng nơi đối tượng thanh tra có tài khoản phong tỏa tài khoản đó để phục vụ việc thanh tra khi có căn cứ cho rằng đối tượng thanh tra tẩu tán tài sản, không thực hiện quyết định thu hồi tiền, tài sản của Thủ trưởng cơ quan thanh tra nhà nước hoặc của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước;
g) Kiến nghị người có thẩm quyền tạm đình chỉ việc thi hành quyết định kỷ luật, thuyên chuyển công tác, cho nghỉ hưu đối với người đang cộng tác với cơ quan thanh tra nhà nước hoặc đang là đối tượng thanh tra nếu xét thấy việc thi hành quyết định đó gây trở ngại cho việc thanh tra;
h) Kiến nghị người có thẩm quyền tạm đình chỉ công tác và xử lý đối với cán bộ, công chức, viên chức cố ý cản trở việc thanh tra hoặc không thực hiện yêu cầu, kiến nghị, quyết định thanh tra;
i) Quyết định xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị người có thẩm quyền xử lý kết quả thanh tra; kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện quyết định xử lý về thanh tra;
k) Quyết định thu hồi tiền, tài sản bị chiếm đoạt, sử dụng trái phép hoặc bị thất thoát do hành vi vi phạm pháp luật của đối tượng thanh tra gây ra;
l) Giải quyết khiếu nại, tố cáo liên quan đến trách nhiệm của Trưởng đoàn thanh tra, các thành viên khác của Đoàn thanh tra;
m) Đình chỉ, thay đổi Trưởng đoàn thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra khi không đáp ứng được yêu cầu, nhiệm vụ thanh tra hoặc có hành vi vi phạm pháp luật hoặc là người thân thích với đối tượng thanh tra hoặc vì lý do khách quan khác mà không thể thực hiện nhiệm vụ thanh tra;
n) Kết luận về nội dung thanh tra;
o) Chuyển hồ sơ vụ việc vi phạm pháp luật sang cơ quan điều tra khi phát hiện có dấu hiệu của tội phạm, đồng thời thông báo bằng văn bản cho Viện kiểm sát cùng cấp biết.
2. Khi xét thấy không cần thiết áp dụng biện pháp quy định tại các điểm d, đ, e, g và h khoản 1 Điều này thì người ra quyết định thanh tra phải quyết định hoặc kiến nghị hủy bỏ ngay việc áp dụng biện pháp đó.
3. Khi thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại khoản 1 Điều này, người ra quyết định thanh tra phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về hành vi, quyết định của mình.