Hoạt động thanh tra và kiểm toán đều có bản chất là hoạt động kiểm soát việc thực thi quyền lực nhà nước. Dù nội dung kiểm soát có sự khác biệt cơ bản nhưng quá trình tiến hành thanh tra, kiểm toán của hai cơ quan rất khó tránh khỏi sự trùng lắp, chồng chéo ở các đối tượng thanh tra, kiểm toán, đặc biệt là các đối tượng liên quan không được ghi cụ thể trong kế hoạch thanh tra, kiểm toán. Địa bàn, đối tượng phụ trách trùng nhau nên dù không trùng lặp về nội dung tiến hành thì cũng gây ảnh hưởng đến hoạt động của cơ quan, tổ chức, doanh nghiệp khi cùng lúc hoặc liên tục phải phục vụ cho hoạt động thanh tra và kiểm toán. Vì vậy, nếu có sự phối hợp giữa hai cơ quan để thống nhất những nội dung nhất định trong hoạt động thanh tra, kiểm toán thì sẽ giúp khắc phục được những vấn đề này.

Chống tham nhũng được xác định là trách nhiệm của cả hệ thống chính trị, trong đó trọng tâm là của các cơ quan có chức năng phòng, chống tham nhũng. Muốn chống tham nhũng có hiệu quả thì trước hết phải chống tham nhũng ngay trong các cơ quan có chức năng phòng, chống tham nhũng. Nghị quyết số 04-NQ/TW ngày 21 tháng 8 năm 2006 của Ban chấp hành Trung ương Khóa X về tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với công tác phòng, chống tham nhũng, lãng phí đã chỉ rõ sự cần thiết phải kiểm soát hoạt động của các cơ quan có chức năng phòng, chống tham nhũng, trong đó có hoạt động của các cơ quan thanh tra nhà nước.

Trong những năm qua, trên cơ sở vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được quy định tại Luật Thanh tra, các văn bản quy phạm pháp luật, các hệ thống cơ quan thanh tra nhà nước đã thực hiện và giúp cơ quan nhà nước có thẩm quyền thực hiện quản lý nhà nước về công tác thanh tra, tiến hành các cuộc thanh tra theo thẩm quyền.

Giám sát hoạt động của Đoàn thanh tra là công việc quan trọng nhằm bảo đảm thanh tra đúng pháp luật, phù hợp với thực tế. Tại khoản 14, Điều 2 Luật Thanh tra năm 2022 quy định: “Giám sát hoạt động của Đoàn thanh tra là việc theo dõi, xem xét, đánh giá việc chấp hành pháp luật, tuân thủ chuẩn mực đạo đức, quy tắc ứng xử, ý thức kỷ luật và việc thực hiện nhiệm vụ được giao của Trưởng đoàn thanh tra, thành viên khác của Đoàn thanh tra trong thời hạn thanh tra”. Nội dung liên quan đến Giám sát hoạt động của Đoàn thanh được quy định cụ thể từ Điều 97 đến Điều 101, Mục 7, Chương IV Luật Thanh tra năm 2022. Việc luật hóa các quy định về giám sát hoạt động của Đoàn thanh tra cho thấy tầm quan trọng của công tác này đối với hoạt động thanh tra, đồng thời cũng nâng cao hiệu lực pháp lý của các quy định về giám sát hoạt động của Đoàn thanh tra.